Le rugelach trouve ses racines dans les pâtisseries en forme de croissant d’Europe centrale, notamment le kipferl autrichien, le kifli hongrois ou le rogaliki polonais. Ces pâtisseries, souvent en pâte levée, riches en beurre et parfois en œufs, étaient traditionnellement en forme de croissant et pouvaient être fourrées ou non. Le mot rugelach vient du yiddish, diminutif pluriel de rogal (« croissant »), lui‑même lié au slave rog (« corne »), d’où l’idée de « petites cornes » ou « petits croissants ».  Les communautés juives ashkénazes de Pologne et d’Europe de l’Est ont adapté ces pâtisseries à leurs contraintes alimentaires (notamment l’absence de mélange lait‑viande dans certains contextes, et l’usage de gras autorisés) et à leurs goûts, en développant des versions fourrées de fruits secs, de confitures, de graines de pavot, de noix, de cannelle et de sucre. 

Certaines sources situent l’émergence de ces « proto‑rugelach » dès le XVIIe siècle, avec des recettes de petits croissants feuilletés ou briochés fourrés, proches de mini‑croissants garnis. À la fin du XIXe siècle et au début du XXe, les Juifs ashkénazes émigrèrent massivement vers les États‑Unis, emportant avec eux leurs traditions culinaires, dont les rugelach. C’est en Amérique que le rugelach prendra sa forme moderne la plus connue. C’est alors que la pâte passera progressivement d’une pâte levée (type brioche/croissant) à une pâte sans levure, très riche en beurre et souvent à base de cream cheese (fromage frais type Philadelphia), de crème fraîche ou de yaourt. Cette évolution fut liée à la commercialisation du cream cheese aux États‑Unis, qui permit d’obtenir une pâte très tendre, feuilletée et facile à travailler, proche d’une pâte sablée enrichie.