Pâtisseries emblématiques du Portugal, nées à Lisbonne, et plus précisément dans le quartier de Belém, leur histoire remonte au début du XVIIIᵉ siècle. Les moines du monastère des Hiéronymites (Mosteiro dos Jerónimos) cherchaient alors à écouler les surplus de jaunes d’œufs, les blancs étant utilisés pour amidonner les vêtements religieux ou pour d’autres préparations. ​À cette époque, la recette n’était pas destinée au commerce, mais à la consommation interne du monastère. Cependant, après la Révolution libérale portugaise de 1820, de nombreux monastères, dont celui de Belém, furent fermés, poussant les moines à trouver un moyen de subsistance. Ils commencèrent alors à vendre ces pâtisseries directement à l’extérieur du monastère, puis finirent par céder leur recette secrète à un homme d’affaires local : Domingos Rafael Alves.

C’est en 1837 qu’Alves ouvre la fameuse Antiga Confeitaria de Belém, aujourd’hui encore incontournable à Lisbonne. Depuis, la recette d’origine, toujours tenue secrète (seuls quelques pâtissiers en connaissent tous les secrets), est à la base des célèbres pastéis de Belém. Celles-ci sont considérées comme la version authentique, bien que le nom « pastéis de nata » désigne aujourd’hui toutes les variantes produites au Portugal et dans le monde, en dehors de cette maison historique. Grâce à l’émigration portugaise et à la renommée croissante de ce petit flan feuilleté, les pastéis de nata se retrouvent en effet désormais dans de nombreux pays. Par exemple à Macao, pour les les « p’ou tát » (« tarte aux œufs à la portugaise » en cantonnais) on utilise de la margarine plutôt que du beurre ainsi qu’une garniture crue neutre, le tout au format tarte. Au Brésil, où le nom est évidemment inchangé, le citron disparait souvent et sucre est moindre. Dans les deux cas, on les sert plutôt froids mais à Lisbonne, il est de tradition de les savourer tièdes, saupoudrés de cannelle ou de sucre glace, souvent accompagnés d’un café.​